补充协议就是指对原合同进行补充或变更，就是要明确合同条款，如果补充条款和主合同某些条款不一致或产生冲突时，以补充条款为准，但是原合同上明确表示某些条款不能变更，补充协议中对本条款变更的则不产生法律效力。
当补充条约与主合同条约矛盾时，要以最近更新的条约为准则执行。所以，补充合同优于主合同的效力，实际是重新修订主合同的条约，补充约定是补充原合同的精要和实质。如果当事人依然要以原合同条款为准，补充协议将没有意义。
合同法相关规定中说明当事人双方商讨一致后，可以变更合同。
二、房屋租赁补充协议主要包含：
1、介绍租赁房屋的基本概况。
2、当事人双方有相同的房屋所有权和房屋使用权。
3、如果让第三人帮助租房，第三方要有租赁人的委托书。
4、补充协议中详细介绍房屋基本情况，例如房屋里的家用电器，使用面积，墙壁和地面质量等一系列相关介绍。
5、规定承租人需要按时缴纳房租，如果不按时缴纳就要有应对措施。
6、合同上还要写清楚租金的交付方式和缴纳租金的具体金额是多少。
7、房屋出租期间产生的水费、电费、燃气费、网费、有线电视费、暖气费、物业费等房租以外的其他费用应该让谁来进行缴纳。
8、租房期间，因为某些原因需要对房子进行维修，产生的维修费用让谁来进行承担，出租的房屋里家电发生故障，要由哪一方承担维修义务等等。
9、租房期间，房主要想收回房屋要提前通知租赁人，明确时间期限，并且明确怎样对承租人采取相关赔偿。
10、房屋租赁期间，如果遭到政府的强制拆迁，那么对于租赁人应该提供怎么样的赔偿。
11、房屋租赁纠纷律师提醒您在签订的协议中还要写清楚，房子的押金应缴纳多少该怎么缴纳，租期满之后，要多长时间能返还押金，如果不按时返还要进行怎样的补偿。补充协议必须仔细阅读其中涉及到的个人利益。